Het water van Fly Creek stroomt af vanaf Battle Mountain in zuidelijk Wyoming en komt uit in de Little Snake River nabij de bron in Routt County. Het water stroomt vervolgens langs de grens tussen Colorado en Wyoming, springt van de ene staat naar de andere, door provincies en canyons, voordat het zuidwaarts in de machtige Yampa River terechtkomt en via het Dinosaur National Monument verder stroomt.